Das imwk wird von einem kollegialen Leitungsteam (Direktorium) geführt, das den laufenden Lehr- und Institutsbetrieb koordiniert. Das Direktorium setzt sich zusammen aus den regulären Professor:innen des Instituts und einer Vertretung der wissenschaftlichen Mitarbeiter:innen. Geschäftsführender Direktor ist derzeit Prof. Dr. Jeffrey Wimmer und  Prof. Dr. Helena Bilandzic ist seine Stellvertreterin. ​​​

Das Leitungskollegium entscheidet über Angelegenheiten, die das Institut als Ganzes oder seine Studiengänge betreffen. Dazu gehört die Weiterentwicklung von Studiengängen und ihrer Lehrprofile, aber auch die wissenschaftliche Ausrichtung des imwk.