Zur Bestandsgruppe der Sammlungen zählen Schriftgutkomplexe, die weder von universitären Dienststellen, Einrichtungen oder Gremien stammen, noch der Gruppe der Nachlässe zuzuordnen sind, obwohl sie gerade von letzteren oft nicht eindeutig unterschieden werden können. Meist handelt es sich um von einzelnen Personen oder Forschergruppen zusammengetragene Unterlagen zu einem bestimmten Thema. Eine typische Sammlung in diesem Sinne ist das im Universitätsarchiv verwahrte sog. "Ernst-Troeltsch-Archiv". Dabei handelt es sich um ein von Dr. Horst Renz im Rahmen eines Forschungsprojekts an der Universität Augsburg in jahrelanger Arbeit zusammengetragenes Sekundärarchiv, das - in der Regel in Form von Kopien - Unterlagen von dem und über den bedeutenden evangelischen Theologen Ernst Troeltsch (1865-1923), der aus Augsburg stammte, enthält.
Eine anderer Bestand aus dieser Gruppe, die Sammlung Chester W. Clark, die von Prof. Dr. Josef Becker im Zusammenhang mit seinen eigenen Forschungen zu diesem Thema aus den USA nach Augsburg holte, vereinigt Abschriften von Archivalien aus verschiedenen europäischen Archiven zur Politk der europäischen Mächte zwischen ca. 1860 und 1871.