Mit der Bibliothek der Philosophisch-Theologischen Hochschule Freising, bzw. der Vorgängerinstitution, des Freisinger Lyzeums, gelangten u. a. wertvolle Altbestände an die Universitätsbibliothek Augsburg.

Zurückverfolgen kann man die Geschichte des Freisinger Lyzeums bis zu den Lehranstalten der Jesuiten in München. Dort unterhielten die Jesuiten zunächst ein Gymnasium, das später zu einem Lyzeum erweitert wurde. Ein Lyzeum war eine sich an das Gymnasium anschließende Einrichtung für philosophische und theologische Studien, von der Funktion her den entsprechenden Fakultäten einer Universität vergleichbar. In erster Linie dienten Lyzeen der wissenschaftlichen Ausbildung zukünftiger Priester, doch standen sie bis ins 19. Jahrhundert hinein auch anderen Schülern offen.

Diese Lehranstalten der Jesuiten blieben auch nach Aufhebung des Ordens (1773) bestehen. 1823 wurden Gymnasium (später in Altes Gymnasium, dann in Wilhelmsgymnasium umbenannt) und Lyzeum getrennt. Als 1826 die Universität von Landshut nach München übersiedelte, hielt man das Lyzeum in München für überflüssig und verlegte es - auch als eine Art Entschädigung für den Verlust der Universität - nach Landshut. Dort wurde es am 20. November 1826 eröffnet.

1829 tauchte erstmals der Gedanke auf, das Lyzeum aus Landshut nach Freising zu verlegen, nachdem dort in den Jahren 1826 ff. ein Klerikalseminar, ein Knabenseminar und ein Gymnasium ihre Pforten geöffnet hatten.

Ein Lyzeum hatte es in Freising bereits früher einmal gegeben: In den Jahren 1697 ff. richtete der Freisinger Fürstbischof Johann Franz Ecker von Kapfing an seinem Bischofssitz eine Studienanstalt ein, zu der auch ein Lyzeum gehörte. Die Anstalt sollte zum einen den Forderungen des Tridentinums zur Heranbildung des Diözesanklerus entsprechen; doch ging der Bildungsauftrag auch über diesen engeren Zweck hinaus. Die von Benediktinern geleiteten fürstbischöflichen Einrichtungen wurden im Zuge der Säkularisation aufgelöst.

1833 schließlich erfolgte tatsächlich der Umzug des Landshuter Lyzeums nach Freising. Im selben Jahr definierte ein Statut die Lyzeen als Spezialhochschulen für den katholischen Klerus, die den Universitäten nicht völlig gleichgestellt waren. (Sie hatten z. B. kein Promotions- oder Habilitationsrecht.) Um diesen Zwecken zu genügen, wurde in Freising der philosophischen Fakultät (der einzigen Fakultät in den Landshuter Jahren) eine theologische Fakultät hinzugefügt. Als Eröffnungstag wählte man den 20.11.1834, den Tag des hl. Korbinian, des Patrons der Diözese und der Stadt. 

Die Bibliothek des Lyzeums verblieb zunächst in Landshut. Erst 1839 konnten die ca. 8000 Bände in Freising aufgestellt werden, und zwar in Räumlichkeiten im östlichen Teil der ehemaligen fürstbischöflichen Stallungen. Allerdings musste auch in diesem Jahr der Lyzealrektor noch klagen: „Bis jetzt liegen … 2/3 der dem Lyzeum gehörenden Bücher auf den Zimmerböden herum, oder sind nur höchst notdürftig und unzweckmäßig aufgestellt.“

1923 wurde die Bezeichnung ‘Lyzeum’ ersetzt durch ‘Philosophisch-Theologische Hochschule’.

Als die Hochschule 1968 aufgelöst wurde, war das Schicksal der Bibliothek zunächst ungewiss. Die Einrichtung einer katholisch-theologischen Fakultät an der Universität Augsburg kurz nach ihrer Gründung 1970 war schließlich ausschlaggebend dafür, dass die ca. 50000 Bände der Philosophisch-Theologische Hochschulbibliothek Freising 1971/72 der UB Augsburg übergeben wurden.

Die Einarbeitung der Bücher in den Bestand der Universitätsbibliothek war 1981 abgeschlossen. Der Freisinger Bestand wurde dabei auf die einzelnen Fächer verteilt; die neuen Signaturen wurden nach der Regensburger Systematik gebildet. Aufgrund von Freisinger Besitzenträgen und Katalogen ist die Provenienz zahlreicher Bücher weiterhin dokumentiert.

Drucke bis zum Erscheinungsjahr 1800 und spätere besonders schützenswerte Drucke wurden im frühen 21. Jahrhundert in den Rara-Bestand eingegliedert (Signaturbeginn mit dem Lokalkennzeichen 221). Für eine Übersicht über die Bände im Rara-Bestand, deren Freisinger Provenienz durch Besitzeinträge dokumentiert ist, kann im OPAc das Feld Freie Suche genutzt werden (Eingabe vorbesitzer freising königliches lyzeum bzw. vorbesitzer freising philosophisch-theologische hochschule).